相続登記の登録免許税が非課税になる3つの条件｜免税措置の要件と手続きを解説

監修者

司法書士・行政書士・宅建取引士

梅澤 徹

あいりん司法書士行政書士事務所の代表。相続手続きに特化し、これまで対応してきた相続件数は3000件以上。現在は新しくウィルスマイル株式会社を設立し、士業向けのコンサル業務や相続サイトの運営中。

梅澤 徹のプロフィール

「実家を相続することになったけれど、名義変更の手続き費用を見たら数万円〜十数万円もかかると言われて驚いた……」
「誰も住まない田舎の土地なのに、高い税金を払ってまで相続登記しないといけないの？」

相続登記にかかる「登録免許税」。実は、申請の仕方や不動産の条件によっては、この税金が丸ごと「0円（非課税）」になるケースがあることをご存知でしょうか？

これを知らずに通常通り申請してしまうと、数万〜十数万円も損をしてしまう可能性があります。
しかも、法務局の窓口では「あなたは非課税の対象ですよ」と親切に教えてはくれません。

この記事では、登録免許税が0円になる3つの条件と、損をしないための申請のコツを、相続実務の最前線に立つ専門家がわかりやすく解説します。

相続登記の登録免許税は原則0.4%！まずは基本を理解しよう

相続登記には、申請時に登録免許税という税金がかかります。
このセクションでは、登録免許税の基本的な仕組みと、非課税・免税が認められる意義について確認します。

登録免許税とは相続登記に必ずかかる国税のこと

登録免許税とは、不動産の登記をする際に国に納める税金です。

相続登記だけでなく、売買や贈与による名義変更でもかかりますが、税率は手続きの種類によって異なります。

相続の場合は税率が最も低く設定されていますが、不動産の評価額が高いほど負担も大きくなります。

登録免許税は一般的に収入印紙を購入して申請書に貼付する方法で納付します。

参考：不動産の登録免許税の計算 – 国税庁

相続の登録免許税は固定資産税評価額×0.4%で計算する

登録免許税の計算に使うのは「固定資産税評価額」です。
市場価格（時価）とは異なり、固定資産税の課税に使われる評価額を基準にします。

相続する不動産の評価額を、事前に確認してみたことはありますか？

【正しい計算方法（土地と建物をまとめて申請する場合）】

登録免許税の計算は「固定資産税評価額 × 0.4%」が基本ですが、土地と建物を別々に計算して足すのはよくある間違いです。
同じ管轄の法務局に1つの申請書で提出する場合は、法律で定められた以下のルールで計算します。

1. 土地と建物の固定資産税評価額を合算する。
2. 合算した金額の1,000円未満を切り捨てる（これが「課税標準額」になります）。
3. その金額に0.4%を掛ける。
4. 計算結果の100円未満を切り捨てる（これが最終的に納める「登録免許税」です）。

※土地と建物を別々に計算して合算してしまうと、端数処理のズレが生じ、法務局から訂正印を求められたり、収入印紙を買い直す手間が発生したりするため注意しましょう。

固定資産税評価額は、毎年4〜6月ごろ届く「固定資産税の納税通知書」または「固定資産税評価証明書」で確認できます。

非課税・免税になれば数万〜十数万円の節税効果がある

固定資産税評価額が高い不動産を相続する場合、登録免許税は決して小さな金額ではありません。
評価額が3,000万円なら12万円、5,000万円なら20万円の登録免許税がかかります。

一定の条件に該当すれば登録免許税が0円になるため、要件をきちんと確認してから申請することが重要です。
次のセクションで、免税が適用される3つのケースを詳しく解説します。

FAQ

Q. 登録免許税は収入印紙でしか払えないのですか？
A. 収入印紙のほか、法務局の窓口での現金納付も可能です。金額が大きい場合は、現金で直接納付するケースも多くあります。

Q. 相続登記の登録免許税は誰が払うのですか？
A. 登記を申請する相続人が納付します。共同で申請する場合も、申請書に記載された連帯納付義務者※が一括で支払うのが一般的です。

Q. 固定資産税評価証明書はどこで取得できますか？
A. 不動産が所在する市区町村の役所（東京23区は都税事務所）で取得できます。相続人であることを証明する書類（戸籍謄本など）を持参すると取得可能で、1通300円程度の手数料がかかります。

相続登記の登録免許税が非課税・免税になる3つのケース

登録免許税が免除されるのは、特定の条件を満たすケースに限られます。
ここでは、数次相続・少額土地・相続人申告登記の3つのケースを具体的に解説します。

ケース①中間の相続人が死亡した数次相続は「土地」の登記が非課税

数次相続とは、ある相続が完了する前に相続人が亡くなり、相続が次々と発生した状態のことです。
たとえば、祖父が亡くなって相続登記をしないまま父が亡くなり、子が相続人になるケースが典型例です。

この場合、本来なら「祖父→父」の登記と「父→子」の登記の2回分の登録免許税がかかります。
しかし、租税特別措置法第84条の2の3第1項により、中間の相続人（父）への登記分の登録免許税は非課税になります。

免税が適用される数次相続の具体的な条件

数次相続の免税が適用されるためには、中間の相続人（亡くなった父など）への相続登記がまだ申請されていない状態で、最終的な相続人（子など）が直接登記を申請することが条件です。

中間者への登記を先に完了させてしまうと、この免税は受けられなくなります。申請の順序が重要なので注意が必要です。

参考：租税特別措置法 – e-Gov法令検索

数次相続の免税で節税できる具体的な金額の例

固定資産税評価額1,000万円の土地で数次相続が発生した場合、本来は「祖父→父」分4万円＋「父→子」分4万円の合計8万円がかかります。
しかし、数次相続の免税を適用すると、祖父から父への分の4万円が免税となり、最終的な登録免許税は「父→子」分の4万円で済みます。

ケース②土地の固定資産税評価額が100万円以下なら免税

租税特別措置法第84条の2の3第2項により、固定資産税評価額が100万円以下の土地については、相続登記の登録免許税が免税になります。

農村部や過疎地域などに多い低評価額の土地の相続を促進するために設けられた措置です。
地方に土地を持っていると気づかず損をしていることも多いですよね。

注意点：この免税措置には適用期限が設けられており、定期的に延長されています。
申請前に必ず最新の税制情報を確認するか、司法書士にお問い合わせください。

建物は免税の対象外であることに注意

この免税措置は土地のみが対象です。同じ敷地上の建物については、固定資産税評価額が100万円以下であっても免税の対象外となります。
土地と建物は別々に登記申請するため、土地分だけ免税申請を行い、建物分は通常通り登録免許税を納める形になります。

ケース③義務履行のみなら相続人申告登記で費用0円になる

2024年4月から相続登記が義務化されましたが、相続人申告登記という簡易な手続きを利用することで、義務を履行しつつ登録免許税を0円にできます。

参考：相続登記の申請義務化について – 法務省

不動産登記法第76条の3に基づくこの制度は、相続人が「私がこの不動産の相続人です」と法務局に申し出るだけで義務履行とみなされます。

法務省によると、義務化施行後は相続登記の申請件数が増加傾向にあり、相続人申告登記も手軽な義務履行手段として活用が広がっています。

ただし、相続人申告登記だけでは不動産を売却・担保に入れることはできません。
実際に不動産を利用・処分するためには、改めて所有権移転登記（登録免許税あり）が必要です。

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監修者：梅澤 徹

FAQ

Q. 数次相続の免税は何代前まで遡れますか？
A. 法律上、遡れる世代数に制限はありません。ただし、中間の相続人が複数人いる場合は手続きが複雑になるため、司法書士への相談をお勧めします。

Q. 100万円以下の土地が複数ある場合、すべてに免税が適用されますか？
A. 1筆（1つの登記番号）ごとに判断します。複数の土地をまとめて申請する場合でも、それぞれの筆の評価額が100万円以下であれば各筆に免税が適用されます。

Q. 相続人申告登記をした後で、所有権移転登記をしたくなった場合は？
A. 相続人申告登記後でも、後から所有権移転登記（本登記）を申請できます。ただし、その際は通常通り登録免許税（評価額×0.4%）がかかります。

非課税・免税を確実に受けるための申請3ステップ

免税措置は自動的に適用されるものではなく、申請者が要件を確認し、正しい手続きを踏む必要があります。
ここでは、免税を確実に受けるための3つのステップを解説します。

ステップ①固定資産税評価証明書で免税要件に該当するか確認

まず、固定資産税評価証明書を取得して、免税要件に該当するかを確認します。

固定資産税評価証明書には、土地・建物それぞれの評価額が記載されています。

固定資産税評価証明書の取得方法と確認すべき2つのポイント

固定資産税評価証明書は、不動産が所在する市区町村の役所（東京23区は都税事務所）で取得できます。
相続人であることを証明する書類（戸籍謄本など）を持参してください。

評価額を確認したら、①土地の評価額が100万円以下かどうか（免税ケース②）、②数次相続が発生していないか（免税ケース①）の2点を必ずチェックします。

確認すべきポイント：

• 土地の固定資産税評価額が100万円以下かどうか
• 被相続人の前の相続人がすでに亡くなっている（数次相続）かどうか
• 義務履行だけで足りるか、所有権移転まで必要かどうか

ステップ②登記申請書に租税特別措置法の条文番号を記載する

特例を受けるためには、登記申請書の「登録免許税」欄に租税特別措置法の条文番号を記載して「非課税」であることを明示する必要があります。
これを忘れると、要件を満たしていても容赦なく税金が請求されます。

・数次相続による中間者分の非課税（※土地のみ）
記載する条文：租税特別措置法第84条の2の3第1項

・100万円以下の土地の非課税
記載する条文：租税特別措置法第84条の2の3第2項

【登記申請書の登録免許税欄への具体的な記載例】
ご自身で申請される方は、以下の文言をそのまま申請書にコピーして使用してください。

▼ 数次相続（土地）の場合

申請書の登録免許税欄に以下のように記載します。
金〇〇円（租税特別措置法第84条の2の3第1項により非課税）
※〇〇円には、課税される建物分の税額などを記載します。土地のみの手続きで全額非課税になる場合は「金0円」と記載します。

▼ 100万円以下の土地の場合

申請書の登録免許税欄に以下のように記載します。
金0円（租税特別措置法第84条の2の3第2項により非課税）

ほんの少しの書き漏らしが、数万円の損失に繋がります。不安な場合は提出前に専門家のチェックを受けることを強くお勧めします。

ステップ③申請前に司法書士に確認すると確実に節税できる

非課税の要件を満たしているかどうかの判断は、一般の方には非常に困難です。例えば「100万円以下の土地」と「100万円を超える土地」が混ざっている場合や、数次相続が複雑に絡んでいる場合、申請書の書き方を少しでも間違えると、窓口で高額な税金の追納を求められてしまいます。

だからこそ、初めから司法書士などの専門家が間に入ることが重要です。

あいりん司法書士事務所にお任せいただければ、最新の税制改正に基づき、お客様が「1円も損をしない」ための正確な特例適用の判断を行います。

さらに、登記手続きだけでなく、その後の「誰も住まない不動産の売却手配」まで、複数の窓口をたらい回しにされることなくワンストップでサポートできるのが最大のメリットです。

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FAQ

Q. 自分で登記申請する場合でも免税は受けられますか？
A. はい、受けられます。自己申請でも申請書に正しく条文番号を記載すれば免税が適用されます。ただし、要件の判断と書類作成に自信がない場合は、司法書士への相談をお勧めします。

Q. 免税申請に追加の書類は必要ですか？
A. 基本的な相続登記の必要書類に加えて、特別な書類は原則不要です。ただし、数次相続の場合は中間の相続人の死亡を証明する戸籍謄本が追加で必要になります。

Q. 法務局の窓口で免税要件を満たさないと言われたらどうすればよいですか？
A. その場で条文番号の記載漏れや要件の認識違いを指摘されるケースがほとんどです。一度持ち帰り、司法書士に再確認を依頼されることをお勧めします。

まとめ：免税措置を活用して相続登記費用を0円に近づけよう

相続登記の登録免許税は、原則として固定資産税評価額×0.4%です。

しかし、以下の3つのケースでは免税が認められます。

• 数次相続：中間の相続人が亡くなっている場合、その分の登録免許税が免税になる
• 100万円以下の土地：土地の評価額が100万円以下なら登録免許税が0円になる（適用期限あり）
• 相続人申告登記：義務履行だけなら所有権移転登記不要で費用0円になる

いずれのケースも、申請書に租税特別措置法の条文番号を明記することが免税を受けるための必須条件です。

「うちの実家の場合は、この免税特例が使えるのかな？」
「数次相続が起きているみたいだけど、どう進めるのが一番損をしない？」

登録免許税の計算や特例の判断は、パズルを解くように複雑です。
ご自身で悩んで法務局に何度も足を運ぶ前に、まずは一度、あいりん司法書士事務所の無料相談をご活用ください。

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